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Übergangsgewässer sind flache Küstengewässer mit schwankendem Volumen und Salzgehalt, deren Verbindung zum Meer durch Landzungen oder Inselketten teilweise unterbrochen ist. Aufgrund ihrer großen Bedeutung für einen guten ökologischen Zustand der Ostsee sind folgende grenzübergreifende Übergangsgewässer in der südlichen Ostsee die 4 Zielregionen im ARTWEI- Projekt:
